Siden grundlæggelsen af Danmarks flåde i begyndelsen af 1500-tallet, havde København haft et flådeværft på Bremerholm, tæt på Slotsholmen.
I takt med udbygningen af Flåden efter svenskekrigene i midten af 1600-tallet, var det behov for mere plads til at bygge og udruste flådeskibene.
Desuden var der på flådeværftet risiko for, at der kunne opstå ildebrande, så man ville gerne flytte det udenfor byen.
Derfor foreslog admiral Niels Juel, at man anlagde en ny flådehavn i farvandet udenfor Københavns Toldbod og Kastellet.
Planen for anlægget blev udformet af admiral Ole Judichær (1661-1729) og de første bygninger blev tegnet af Flådens bygmester, Johan Conrad Ernst (1666-1750).
Starten på anlægget var den kunstige ø, Nyholm længst mod nord og den mindre Christiansholm mod syd.
De to øer lå med en halv kilometer imellem sig, men blev efterhånden føjet sammen af flere aflange, kunstige øer.
På Nyholm satte man to skibe på grund, så de kunne danne fundamentet for inddæmningen, som blev kaldt for Hukken.
I 1690’erne var man så langt med inddæmning og opfyldning, at det første skib kunne søsættes fra det nye flådeværft.
Samtidig blev det plads til at flådefartøjerne kunne ligge for anker i en beskyttet havn, der kaldte for “Flådens Leje”.
Flådehavnen var mod nord afgrænset af en kunstig halvø, Elefanten, og “bommen”, der forbandt Nyholm med Københavns Toldbod. Ud mod havneløbet lå den smalle “hønsebro”, som gav adgang til de fortøjede skibe.
Arsenaløen og Christiansholm blev anlagt i 1750’erne. De blev bundet sammen med Nyholm af en lang, smal ø, Langøen.
Her blev opført meget lange bygninger, (herunder) tegnet af arkitekten Philip de Lange (1700-1766).
De tjente dels som magasinbygninger for skibenes udrustning. Bygningerne ligger i dag ved Takkelloftvej.
På Arsenaløen blev der bygget et stort magasin, Kuglegården til opbevaring af kanonkugler, krudt m.m.
Der blev anlagt en lille ø, Ankerøen, hvor der blev opført en mindre bygning til opbevaring af ankre.
Den blev efterhånden udbygget til en større ø, Dokøen, hvor der blev anlagt en dok til bygning af dampskibe.
Omkring 1860 flyttedes de sidste dele af den gamle flådehavn til Holmen.
Derfor blev der i disse år opført en større mængde nye bygninger, bl.a. de store smedjer på Frederiksholm.
I dag bruger Forsvaret stadig nogle bygninger på Holmen, men mange andre er i dag i brug til civile formål.
Dels har en række uddannelsesinstitutioner til huse på Frederiksholm, dels er der indrettet boliger i nogle af bygningerne. Der er også kommet nye bygninger til, dels boligbyggeri, dels Operaen, der ligger yderst mod havnen overfor Frederiksstaden.
Holmens hovedvagt blev bygget i midten af 1700-tallet på spidsen af Nyholm.
Ved siden af ligger batteriet Sixtus, som anvendes til afgivelse af salut ved officielle lejligheder.
På Nyholm ligger en række ældre bygninger, der er opført til de helt særlige funktioner, man har haft brug for til flådefartøjernes udrustning og vedligeholdelse. De ældste stammer fra midten af 1700-tallet, og flere er udført af arkitekten Philip de Lange.
F.eks. ligger her nogle anseelige bindingsværkshuse, der har været brugt til opbevaring af skibenes rigning m.m., når de blev lagt op om vinteren, eller til at fremstille skibenes konstruktion. Det gælder f.eks. det lange spantelofthus og de to store takkelagehuse.
Når skibene skulle udrustes med master, blev de hejst på plads med den kæmpemæssige mastekran. Den blev opført omkring 1751 og er tegnet af Phillip de Lange. I dag er den som mange andre af Holmens bygninger fredet, og blevet et symbol for den gamle flådestation.
