Vejen har navn efter Ny Bakkegård, der lå overfor Gammel Bakkehus på Rahbeks Allé.
Der var også en Gammel Bakkegård, der lå på hjørnet af Valby Langgade og Ny Carlsbergvej, som den gang hed Bakkegårdsvej.
Gården opstod omkring 1800, konseilspræsident Carl Christian Hall (1812-1888), der har givet navn til Halls Allé, opførte en ny hovedbygning i 1840.
En del af ejendommen eksisterer stadig som Rahbeks Allé 34.
Bakkegårds Allé blev anlagt som vej i 1893.
