Under kong Hans blev København flådens hovedby. Flåden blev officielt dannet i 1510, og i anden halvdel af 1500-tallet fik flåden større og større betydning for Danmark.
Fra gammel tid havde flåden opankringsplads og vinterleje i Grønnegårds Havn ved Amagers nordkyst og i den lille bugt ”Krabbelykke” nord for byen, men der var behov for et permanent sted, hvor flådens skibe kunne bygges og repareres.
Der var skibsværfter forskellige steder i landet, men alle skibene kom til værftet i København for at blive klargjort. Det betød bl.a., at de københavnske borgere skulle brygge øl, bage brød og i det hele taget sørge for proviant, når skibene skulle ud at sejle.
Derfor blev der på en ø mellem Sjælland og Slotsholmen anlagt en skibsværft. Mellem øen og den sjællandske kyst lå farvandet Bremerholms Dyb – eller blot Dybet – der har giver navn til Dybensgade.
Navnet Bremerholm fik den formentlig, fordi kongen hentede skibsbyggere hertil fra den tyske by Bremen. En anden forklaring lyder dog, at øens navn skyldes, at der voksede bræmbær – altså brombær.
Det ældste del af værftet lå lige syd for Nikolaj Kirke. Bremerholm, der oprindeligt var en ø, blev allerede i 1500-tallet p.gr.a. opfyldninger i området ved Laksegade, landfast med Sjælland.
Bremerholm blev efterhånden et anseeligt anlæg, hvor der blev bygget smedjer, tømrerværksteder, reberbanen, magasinbygninger, beddinger osv.
På billedet herover ses takkelhuset, som var en stor magasinbygning, på et maleri fra 1749. Bygningen var formentlig tegnet af Phillip de Lange (1704-1766) og havde på den smukke pavillonbygning en statue af guden Neptun på toppen af spiret.
Mellem de nuværende Herluf Trollesgade og Cort Adelersgade lå en stor mastegrav, hvor de rå master blev lagt, inden de skulle bruges.
Ud til havnen lå også den såkaldte “Dehlehave”, som blev brugt som tømmerlager. Dehler var datidens navn for brædder. Det var her den store bybrand i København i 1795 startede.
En mange hundrede meter lang reberbane, opført 1555, strakte sig fra Kongens Nytorv og helt ned til havnen. Der er stadig rester af den i haven bag Charlottenborg..
Ved det nuværende Kongens Nytorv lå fra 1673 Gjethuset, hvor man støbte kanoner. Gjethuset lå nærmest tværs over den nuværende Tordenskjoldsgade, hvor senere Det Kongelige Teater blev bygget. Fra 1757 blev bygningen avendt som kadetakademi.
Kanoner m.m., der skulle bruges på flådeskibene, blev dog opbevaret i Tøjhuset ved udrustningshavnen Søarsenalet på Slotsholmen.
På værftet lå også den kongelige ankersmedje. Den blev senere ombygget til Holmens Kirke.
Bremerholm var i 1600-tallet såvel Københavns som Danmarks største arbejdsplads. Fra omkring 1580 fungerede Bremerholm også som tvangsarbejdsanstalt. På værftet arbejdede bl.a. straffefanger, som var låst fast i jernlænker, for at de ikke skulle flygte. Deraf kommer udtrykket at “komme i Bremerholms jern”, når man bliver idømt en straf.
Det var straffede fra hele Danmark, der kom hertil. De blev indsat i et fængsel, kaldet ”Trunken”, når de ikke arbejdede. Ordningen med at beskæftige fanger ophørte i 1741.
Selv om det meste af Bremerholm rummede flådeværftet, var der dog også plads til Botanisk Have, som siden 1778 havde ligget bag ved Charlottenborg.
Efter Den Skånske Krig i 1677, hvor den danske flåde under ledelse af Niels Juel besejrede den svenske flåde, stod det klart at Danmark havde behov for at være stærk som sømagt. Det krævede ordentlige faciliteter for orlogsflåden, og pladsen på Bremerholm slog ikke til.
Kong Christian den 4. havde nok allerede i 1620’erne udtænkt en plan om at etablere nye faciliteter for flåden.
Det var dog først omkring 1680, at planerne blev konkretiseret. De faldt sammen med udbygningen af Christianshavns Vold, som skabte et velegnet areal på Nyholm nord for Christianshavn.
Hen mod år 1700 begyndte udflytningen af dele af det gamle værtsområde, og som en naturlig konsekvens begyndte man at kalde Bremerholm for Gammelholm.
Udflytningen skete gradvist i løbet af 1700- og 1800-tallet, men der blev stadig opført nye bygninger på Gammelholm, f.eks. for Generalkommisariatet, der fik en flot bygning i barokstil ud til den nuværende Holmens Kanal. Den lå omtrent, hvor Nationalbanken ligger i dag.
I 1817 blev det besluttet endeligt at nedlægge Bremerholm som flådeværft og samle funktionerne på Nyholm. Flere kommissioner arbejdede med planen, men det var først i 1850’erne, at de endeligt blev effektueret. I 1859 vedtog Rigsdagen loven om rømningen af Gammelholm, og dermed kunne området tages i brug til nye formål.
På det tidspunkt var der behov for plads til boligbyggeri, og det blev overdraget arkitekten Ferdinand Meldahl at projektere en ny bebyggelse i området (se nærmere under Gammelholm).
Det var på Gammelholm, at den store brand i 1798 opstod i værftets tømmerlager. Branden bredte sig med vinden til en stor del af København, og hele det område, der er markeret med sort farve på kortet, brændte ned.
Man siger, at det var manglende samarbejde mellem Holmens personel og byens brandkorps, der gjorde at branden fik lov til at udvikle sig.
Gaden Bremerholm har sit navn, fordi den delvist ligger, hvor øen Bremerholm i sin tid lå. Gaden er dog først anlagt i 1930’erne.