Tidligere blev københavnerne begravet på kirkegårde indenfor byens volde. Efter pestepidemierne i 1700-tallet, slog de københavnske kirkegårde ikke til.
Man var nødt til at lave nødkirkegårde, de såkaldte assistancekirkegårde, udenfor voldene. Her blev især de fattigste begravet.
Det var dog ikke nogen løsning på længere sigt, så i 1757 besluttede man at anlægge en stor assistenskirkegård ved Nørrebrogade udenfor voldene på Nørre Fælled. Den åbnede i 1760.
På området havde der tidligere ligget en tobaksplantage, men faktisk også en kirkegård. Mosaisk Nordre Begravelsesplads ved den nuværende Møllegade, var anlagt
Befolkningen i byen var dog ikke meget for at skulle begraves så langt væk, selv om prisen kun var en femtedel af, hvad det kostede at blive begravet inde i byen.
Først da den fornemme københavnsk etatsråd Johan Samuel Augustin i 1785 lod sig begrave herude, blev Assistens Kirkegård mere populær.
Augustins gravminde blev udført af Johannes Wiedewelt, der var én tidens førende kunstnerne når det gjaldt stenhuggerarbejder. Gravmindet er for længst forsvundet, men på stedet er opsat en mindesten for Augustin.
I begyndelsen omfattede kirkegården kun et smalt stykke langs Kapelvej, men efterhånden blev den udvidet, så den strakte sig helt ud til Jagtvej. Hertil nåede den i 1805.
I 1828 blev kirkegården også udvidet mod syd, i det område, hvor Hans Tavsens Park ligger i dag.
Her var bl.a. gravsteder for lemmerne på Københavns Ladegård. Denne del blev nedlagt og fra 1909 omdannet til Hans Tavsens Park.
Udvidelserne kom efter, at det blev forbudt at begrave de afdøde inde i kirkerne, som man tidligere havde gjort det med de mest fremtrædende personer i sognet.
Senere var yderligere udvidelser nødvendige, da det i 1851 blev forbudt at begrave de døde indenfor de gamle volde omkring København. I stedet blev der indrettet afdelinger på Assistens Kirkegård for de enkelte kirker i Københavns Indre by.
Ved koleraepidemien i 1853, hvor mange københavnere døde af sygdommen, blev ca. yderligere 5.000 begravet på Assistens Kirkegård.
I 1892 indførtes ligbrænding i Danmark, og det fik antallet af kistebegravelse til at falde. I 1938 fik kirkegården en afdeling, der udelukkende var beregnet til urnebegravelser og i 1950 kom et område til den såkaldte askefællesgrav, der også kaldet “de ukendtes” grav.
I dag har Assistens Kirkegård en række området til gravsteder for særlige grupper, f.eks. russere og katolikker. Her er også en afdeling for hjemløse (“gadens folk”) og en regnbuegravplads. I området, der kaldes “Malus”, kan man blive begravet under æbletræer.
I forbindelse med anlægget af metrostationen ved Nørrebros Runddel, blev en lang række grave nedlagt og 2.400 kister flyttet til en anden del af kirkegården.
Hele kirkegården var omgivet af en to meter høj mur, som holdt dyr ude. I muren er der flere steder porte, der er tegnet af Københavns stadsbygmester Peter Meyn (1749-1808). Muren gik først langs Nørrebrogade, men blev i 1880 også bygget langs Jagtvej.
Kirkegårdens kapel (herover) blev opført omkring 1867 efter tegning af arkitekterne Valdemar Ingemann og Johan Daniel Herholdt. Det har givet navn til Kapelvej.
Kapellet blev fra 1979 ikke længere brugt til begravelser, men bruges nu til kulturelle formål.
Tæt på indgangen fra Nørrebros Runddel ligger tempellignende bygning, der blev opført i 1808 som ligstue og graverbolig. Den var tegnet af Københavns viceborgmester Jens Bang. Han var ikke færdiguddannet arkitekt, hvad der måske ses af de meget tætstående søjler, der gjorde det vanskeligt at bære en kiste ud gennem døren.
Bygningen er delvist bevaret, men er blevet flyttet i forbindelse med anlægget af metrostationen Nørrebros Runddel.
Hele kirkegården er fredet, og en lang række gravminder er udpeget som bevaringsværdige. Man kan dog stadig blive begravet på kirkegården, der har en område til ny begravelser. Den øvrige del er i dag udlagt som rekreativt område, og bruges i høj grad som park af beboerne på Nørrebro.
Før i tiden blev kirkegården dog også brug som udflugtsmål, for lige fra dens start i 1700-tallet tog københavnerne herud med frokostkurven om søndagen.
To cykelstier, Hans Tavsen Stien og Poppelstien (herover), er ført gennem parken.
Assistens Kirkegård har en række gravminder for kendte personer, f.eks. H. C. Andersen, H. C. Ørsted og Søren Kierkegaard.
Det nok mest sagnomspundne gravsted er Bodenhoffs. Anders Bodenhoff var storkøbmand og én af Danmarks rigeste i 1700-tallet. Da han døde lod hans kone, Giertrud Rosted, billedhuggeren Johannes Wiedewelt udføre et prægtigt monument (herover).
Hun blev selv gravlagt her, men der opstod hurtigt en historie om, at hun kun var skindød ved begravelsen. En efterkommer fik i 1950’erne åbnet graven og det viste sig, at graven havde været plyndret af gravrøvere, men om Giertrud var helt død, da hun kom i graven, blev ikke endeligt bevist.