Gaden er opkaldt efter bornholmeren Jens Petersen Kofoed (1628-1698), der sammen med bl.a. Poul Anker kæmpede for øen under svenskernes besættelse i 1658. Det lykkedes for oprørerne at dræbe den svenske kommandant på Hammershus og genvinde øen.
Jens Kofods Gade ligger i det lille kvarter mellem Store Kongensgade og Grønningen, hvor vejene har navne med relation til Bornholm, f.eks. Bornholmsgade.