Den kunstigt anlagte ø har navn efter en naturlig ø, Refshalen, som egentlig lå, hvor bydelen Christianshavn er i dag. Navnet kommer sikkert af, at Refshalen havde form som en rævehale.
På Refshaleøen lå siden 1870’erne Burmeister & Wains skibsværft. Det blev anlagt på opfyldt land mellem Holmen og den kunstige ø Lynetten, som var en del af Københavns befæstning.
Refshalevej er forbindelsevejen fra Amager til Refshaleøen.