Gaden er anlagt omkring 1900. En del gader på Nørrebro har navne efter landsdele og byer, og i Fyensgade bruges den ældre stavemåde for øen Fyn.
Gadenavnet har sin parallel i Sjællandsgade, men mens der er en del gader i kvarteret nord for Nørrebrogade, der har navne efter sjællandske byer, er der ingen fynske.