Gaden har navn efter planten Krusemynte. Flere andre gader i kvarteret omkring Nyboder er opkaldt efter blomster eller urter.
Krusemyntegade er anlagt i midten af 1600-tallet.
Her lå dengang de oprindelige Nyboder-huse, men i begyndelsen af 1870’erne blev de revet ned og erstattet af toetages arbejderboliger, efter samme mønster som i Humleby og Kartoffelrækkerne. De blev tegnet af arkitekten Frederik Bøttger (1838-1920).
Efter en renovering, er husene malet i forskellige farver.