Vejen har navn efter Jakob Nielsen Dannefærd (død 1676) der som officer medvirkede under krigen mod Sverige i 1650’erne.
I krigen og også efter var han i tjeneste sammen med Ulrik Christian Gyldenløve (1630-1658), som den nærliggende Gyldenløvesgade er opkaldt efter.
Vejen blev anlagt fra Åboulevard og sydpå i 1880’erne af en tømrermester, der formentlig opført en række ejendomme langs den. Først i 1905 blev vejen forbundet med Worsaaesvej.
Tidligere lå her Store Svanemosegård, der har givet navn til Svanemosegårdsvej.
På Jakob Dannefærds Vej 3 ligger bygninger opført i 1889 for Slomanns Latin- og Realskole (herunder). De er tegnet af arkitekten Frederik Levy (1851-1924).
Bygningen rummede fra 1913 til 1940 Efterslægtsselskabets Skole, der tidligere havde ligger i Østergade i København. Fra 1940 fik skolen nye bygninger på Efterslægtsvej i Utterslev.