Kirken er indviet i 1901. Dens sogn blev udskilt fra Mathæuskirkens sogn, som indtil da omfattede det meste af bydelen Vesterbro. Apostelskirkens sogn blev selvstændigt i 1905.
Midlerne til kirkebyggeriet blev stillet til rådighed af en komité.
Apostelkirken er tegnet af arkitekten Otto Valdemar Koch (1852-1902).
Kirken var oprindeligt indpasset i husrækken i den tætbebyggede Saxogade, men efter saneringerne af kvarteret i 1950’erne, ligger den nu helt frit.
Faktisk lå kirkesalen i “baggården”, hvortil der var adgang både gennem en forbindelsesgang (“munkegangen”) fra Saxogade og en indgang fra Westend.
I tilknytning til kirken ligger et menighedshus.
Kirkens prædikestol er usædvanlig fordi den er muret ind i væggen.
Over korbuen i kirken er der en fresko, malet af Joakim Skovgaard, der forestiller Opstandelsen. Over altereret hænger et krucifiks, udført af C. Aarsleff. I et sideskib hænger fem apostelbilleder, malet af Henrik Olrik.