Kirken har sit navn efter en lokalitet, der nævnes i Bibelen som det sted, hvor Jesus opholdt sig før korsfæstelsen.
I slutningen af 1800-tallet skød mange kirker op på det folkerige Vesterbro. I kvarteret omkring Dannebrogsgade savnede man en kirke, så en lille kreds mødtes i et snedkerværksted i Skydebanegade og herfra udsprang initiativet om at bygge en kirke.
I 1894 kunne man tage en midlertidig kirke i brug i Dannebrogsgade ud for den nuværende Litauens Plads. Kirken var bygget over et jernskelet, og fik derfor tilnavnet “Jernkirken”. Da den tilmed var nabo til en hestestald, syntes menigheden ikke den var en værdig ramme om de kirkelige handlinger.
Derfor arbejde man for at få rejst en ny kirke, og man startede med tårnet. I 1900 blev der ud mod gaden opført et 31 meter højt tårn efter tegning af arkitekt Hans Wright (1854-1925).
I 1915-1916 blev den nuværende kirke opført i tilknytning til tårnet.
Udvalget for Kirkesagens Fremme i København bekostede en del af byggeriet.
Kirken var i starten en distriktskirke i Sankt Matthæus Kirkes sogn, men blev udskilt som selvstændigt sogn i 1900.
I 2014 var kirken indstillet til lukning, men blev videreføret som U-kirke, dvs. en kirke med særlige tilbud til ungdommen.
Inde i kirken sidder en fresko udført af Oscar Matthiesen, der forestiller Kristus og de tre apostle i Getsemane have.
