Allerede i 1600-tallet eksisterede der en dyrepark i forbindelse med den lystgård, som lå Allégade. Haven lukkede dog efter at en løve var sluppet fri og havde ædt dyrepasseren, men senere var der et manageri på det område, hvor Haveselskabets Have er i dag.
I København var der først fra 1859 mulighed for at opleve levende dyr i fangenskab, da ornitologen Niels Kjærbølling (1806-1971) oprettede en zoologisk have i den sydvestlige del af Frederiksberg Have.
Det var en af Europas første af sin slags.
Kjærbølling var inspireret af de zoologiske haver, der var opstået i flere europæiske byer i første halvdel af 1800-tallet.
Ca. 25 år efter åbningen var bestanden i haven på ca. 50 forskellige arter af pattedyr og 125 forskellige fuglearter.
Der blev ikke bare udstillet dyr, men i en periode kunne man i haven se mennesker fra fremmede lande, f.eks. eskimoer og afrikanere.
Dyrene blev fortrinsvis holdt i bure, men de kunne glæde sig over, at dyrenes huse og bure var arkitekttegnede.
Flere af dem blev udført efter tegninger af kunstneren Christian Hetsch (1830-1903). Nogle blev endda bygget i orientalsk stil, der prægede tidens “forlystelsesarkitektur” ligesom i Tivoli.
Senere er det bl.a. Thorvald Bindesbøll der tegner hjortehuset, og i nyere tid har arkitekter som Fritz Schlegel og Norman Forster stået bag giraf- og elefantanlæggene.
Indgangen til haven var fra starten gennem Apistemplet i Frederiksberg Have. I løbet af 1900-tallet blev der i stedet indgang fra Roskildevej.
De fleste af de gamle dyreanlæg er erstattet af nye. Det gælder f.eks. det store elefanthus (billedet herover) fra 1914, der var tegnet af arkitekten Peter Andreas Rosenkilde Gram (1883-1968). Huset, der også blev kaldt “tykhudhus” blev nedrevet i 2017.
På pladsen, hvor elefanthuset var, er i dag opført et pandaanlæg, som er udformet af tegnestuen BIG.
Elefanterne har i stedet fået et mere moderne anlæg, som blev indviet i 2008. Det er tegnet af den engelske arkitekt Norman Foster.
I 1905 fik Zoologisk Have et 47 meter højt udsigtstårn, der var tegnet af Theodor Andreas Hirth (1862-1925). Det kom til at ligge på Valby Bakkes højeste punkt og er nok inspireret af Eiffeltårnet i Paris.
I 1953 blev Zoologisk Have udvidet med et areal af Søndermarken. De to del er forbundet med en tunnel.
I 1872 blev haven et aktieselskab og fra 1971 en selvejende institution.
Den nuværende indgangsbygning er fra 1998 og er tegnet af tegnestuen Entasis.
