Oprindeligt skulle kirken for hele bydelen Christianshavn have ligget på Christianshavns Torv, men i stedet blev Vor Frelsers Kirke opført i 1680’erne. Her holdt man både gudstjenester på dansk og tysk.
De mange tysktalende beboere i bydelen udgjorde så stor del af befolkningen, at de havde deres egen menighed. Men i Vor Frelsers Kirke var de tyske henvist til at bruge kirken om søndagen efter klokken 12, for her sov de danske til middag.
Derfor ønskede den tyske menighed sig sin egen kirke, og i 1750’erne begyndte man derfor på opførelsen af en ny kirke for enden af Strandgade.
Kongen skænkede en grund, hvor der tidligere havde ligget et saltværk.
Den blev navngivet efter kong Frederik den 5. og hed i begyndelsen Frederiks Tyske Kirke. Senere blev den omdøbt til Christians Kirke, for at undgå forveksling med Frederiks Kirke (Marmorkirken) i København.
Over indgangen sidder Frederik den 5.’s monogram.
Kirken er tegnet af arkitekten Nicolai Eigtved (1701-1754), der har givet navn til Nicolai Eigtveds Gade, der går på nordsiden af kirken.
Kirkerummet er udformet ligesom en teatersal, hvor siddepladserne er anbragt i gallerier. Derfor har kirken fået tilnavnet “teaterkirken”.
Logerne kunne udlejes, og dermed skaffe kirken indtægter.
Det samme gjaldt gravpladserne i krypten, der var mere attraktive end kirkegården udenfor – men også dyrere. Krypten havde kun adgang udefra, for man ville ikke risikere, at “dunsterne” fra de døde trængte ind i selve kirkerummet.
Opførelsen blev bl.a. finansieret gennem et statsligt lotteri, og kirken kaldes derfor også ”lotterikirken”.
I slutningen af 1800-tallet var antallet af medlemmer i den tyske menighed svundet ind, og blev nedlagt i 1886. Fra 1901 overgik kirken til at være en almindelige sognekirke.
I takt med at Burmeister & Wains skibsværft på det sydlige Christianshavn optog større og større arealer, blev kirken efterhånden helt omgivet af B&W’s bygninger. Kortet herunder viser situationen i 1970.
I dag har nyt byggeri afløst værftsbygningerne, så kirken er stadig omgivet af den tætte bebyggelse på Christianshavn.