Omkring 1600 opførtes en flådehavn på Slotsholmen syd for Københavns Slot. Flåden havde i forvejen en base på Bremerholm, men havde brug for faciliteter til udrustning af flådeskibene.
Det kolossale Kongens Bryghus forhindrede fjenden i at se, om der lå skibe inde i havnen.
Det var kong Christian den 4., der tog initiativet til anlægget, som kaldtes for Søarsenalet. Hele komplekset er formentlig opført af bygmester Hans Steenwinkel den ældre. På stikket herover, der er udført af Van Wijck i 1611, ses anlægget, der på det tidspunkt er nyanlagt. Slottet ligger til højre.
Under opførelsen kunne kongen godt lide at besøge havnen og se på arbejdet. Han fik bygget en gang fra slottet og til havnen, men han kom aldrig helt uventet, for han havde altid sin hund med, som løb i forvejen, så arbejderne vidste at kongen var på vej. Og senere viste kongen med stolthed havnen frem for sine gæster.
Søarsenalet bestod af et bassin til skibene og to lange bygninger, hvorfra de blev forsynet med hhv. proviant og våben (se nedenfor), samt Galejhuset ud mod vandet. Her kunne det lette fartøjer (galejer) opbevares og ligefrem “hænges til tørre” i loftet i ringe, der stadig er bevaret i kælderhvælvingerne til Det Kongelige Bibliotek der er ligger på stedet i dag.
Flådehavnen var forbundet med havnen udenfor gennem en ca. 120 meter lang kanal. Hver aften blev kanalen lukket med en kraftig bom, der var så tung, at der skulle 100 mand til at flytte den. Den var dog forsynet med et spil, så kun én mand kunne lukke bommen. Ud mod havnen dækkede en bygning indsejlingen til havnen.
Efterhånden mistede havnen sin betydning, og blev kastet til i 1860’erne. I stedet blev Bibliotekshaven anlagt på stedet.