Ideen om en selvstændig kirke i Emdrup gik helt tilbage til 1920’erne.
Indtil 1947 hørte bydelen Emdrup til Bispebjerg Sogn og havde Grundtvigs Kirke som sognekirke.
Herefter blev Emdrup sogn udskilt om selvstændigt. Det havde på det tidspunkt 8.000 indbyggere.
Menigheden ønskede sig en kirke, hvor præsterne ikke havde den grundtvigianske indstilling, som det krævedes af dem i Grundtvigs Kirke.
Allerede i 1946 havde man taget en midlertidig kirke i brug på Nøkkerosevej 23. Den var indrettet i KFUM’s barakker, som arkitekt V. Hvalsøe indrettede som kirke.
Gennem indsamling lykkedes det at skaffe midler til opførelsen af Emdrup Kirke i 1961. Arkitekten var Christian N. Christiansen, der var Københavns Kommunes vicestadsarkitekt.
Arealet, hvor kirken blev bygget, var tidligere mosebund, så der måtte pilotteres for ud for byggeriet.
I 1994 blev der opført nye præste- og kordegnelokaler ved kirken.