Vejen har sin navn efter præstegården ved Brønshøj Kirke, som bebyggelsen er udstykket fra.
Præstegårds Allé blev anlagt omkring 1900 i forbindelse med udbygningen af kvarteret nord for Frederikssundsvej ved bl.a. Holcks Plads.
På Præstegårds Allé ligger Gartnernes Stiftelse, der blev bygget i 1922. Arkitekten var Frederik Carl Harboe. Stiftelsen var oprettet i 1898 for at sikre boliger til pensionerede gartnere.