Vejen har sit navn, fordi Maglekilde Brøndanstalt lå i nærheden på Allégade. Det var en kuranstalt, hvor man kunne drikke vand fra Maglekilde i Roskilde. Anstalten blev i 1886 flyttet til Brøndsalen i Haveselskabets Have.
Maglekildevej blev anlagt i slutningen af 1890’erne.
Mange huse i kvarteret ved Maglekildevej blev ødelagt ved bombardementet af den franske Jeanne d’Arc-skole på Frederiksberg Allé.
I stedet opførtes i årene omkring 1950 den nuværende boligbebyggelse Alléparken, der blev tegnet af arkitekten Ole Hagen.
Den eneste ældre ejendom på vejen ligger på hjørnet af Dr. Priemes Vej (herunder). Bygningen blev dog også beskadiget under bombardementet i 1945.
