Navnet er nok hentet fra det nærliggende >Trekroner Fort.
Kajen lå tidligere ud til Kronløbsbassinet, hvor nu Kronløbsøen er anlagt.
Bebyggelsen Fortkaj fra 2021 er tegnet af Vilhelm Lauritzen Arkitekter og Arkitektfirmaet Cobe i en stil, der er inspireret af den arkitekten Kay Fisker.