Søen har sit navn efter Sankt Jørgens Gård (eller hus), der var et hospital for spedalske, oprettet efter 1254.
Hospitalet var oprindeligt viet til Sankt Olav, og på havnen i København stod en ”blok”, hvor man kunne give penge til driften.
Den afsides beliggenhed skyldtes smittefaren. Patienterne levede i isolation og arbejdede på gårdens område.
I 1524 blev hospitalet nedlagt og patienterne flyttet til Vartov Hospital.
Det er tvivlsomt, om søen eksisterede dengang.