Farvandet mellem Amager og Sjælland har måske sit navn efter “kalve”, som er en gammel betegnelse for små øer eller holme ude i vandet. Boder er tilsvarende et gammelt ord, der bl.a. betyder et rev eller skær under vandet. Navnet Kalveboderne kendes allerede fra 1500-tallet.
Navnet kan dog også skyldes, at der tæt ved vandet – måske på Amager Fælled – har været ”boder” (læskure) til kalve.
Uden i farvandet lå flere små holme, f.eks. Koklapperne og Svenskeholmen.
I dag betegner Kalveboderne hele farvandet mellem Amager og Sjælland, men i 1600- og 1700-tallet brugtes navnet især om det område, der lå umiddelbart udenfor Langebro.
I midten af 1700-tallet blev det foreslået at uddybe sejlrenden mellem Sjælland og Amager og samtidig spærre for sejladsen mellem Amager og Saltholm. Dermed ville al skibstrafikken gå gennem Københavns Havn – som kunne få en økonomisk gevinst.
Projektet blev dog ikke til noget dengang, og først med udvidelsen af havnen mod syd i starten af 1900-tallet, kom der egentlig skibstrafik gennem Kalveboderne.
I 1860’erne begyndte man at udbygge havnekajerne i havnen, også syd for Langebro. Imidlertid var strømmen gennem Kalveboderne blevet stærkere, fordi den nordlige del af Københavns Havn var udvidet.
Derfor anlagde man omkring 1902 en mere end to kilometer lang spærredæmning mod syd, hvor man gennem en sluse kunne regulere vandstanden og vandgennemstrømningen. Dæmningen blev i 1950’erne udbygget og blev til den nuværende Sjællandsbroen, så biltrafikken kunne køre over.
