Oprindeligt havde den katolske kirke købt nogle grunde på sydsiden af Hans Bogbinders Allé, hvor det var planen at opføre Sankt Annæ Kirke.
Kirken kom imidlertid i stedet til at ligge på grunden mellem Hans Bogbinders Allé og Dronning Elisabeths Allé, så den oprindelige kirkegrund blev overladt til Sankt Elisabeth-søstrene.
Søstrene var navngivet efter Sankt Elisabeth af Thüringen og arbejdede med sygepleje, undervisning m.m. De blev etableret som orden i Danmark i 1895 og oprettede hospitaler, skoler og plejehjem i både København og Næstved.
De opførte et hospital, som blev tegnet af arkitekten Emil Jørgensen (1858-1942). Hospitalet fik navn efter søstrenes orden og blev indviet i 1905.
En statue af grevinde Elisabeth står over hospitalets indgang. Hun samlede penge til de fattige og brugte også nogle af sine mands penge til at købe brød for.
Legenden fortæller, at da hun var på vej til de fattige med brødet skjult under sin kjole, overraskede manden hende og bad hende vise, hvad hun skjulte. Han rev kjolen af hende, men indenunder havde hun nu en buket roser.
I hospitalets trapperum har kunstmaleren Jais Nielsen skildret legenden om Elisabeth.
I en kort årrække fra 1917 havde hospitalet også en afdeling i en Villa Elisabeth på Dyvekes Allé.
Hospitalet blev udvidet flere gange, bl.a. i 1925, hvor der blev tilføjet en fløj mod øst ved arkitekten Paul Staffeldt Matthiesen (1891-1979).
Her blev der plads til både en kirurgisk og en medicinsk afdeling, røntgenafdeling, laboratorium m.v. I 1938 åbnede hospitalet en sygeplejeskole. I fløjen blev der også indrettet et kapel.
Efterhånden var der færre og færre søstre i Elisabeth-ordenen, og i 1970 blev Sankt Elisabeth Hospital solgt til Københavns Amt. Det blev derefter en del af sygehusvæsenet i Region Hovedstaden og anvendes i dag af Københavns Kommune til forskellige sundhedsmæssige formål.