Gaden er opkaldt efter kong Frederik den 3.’s søn, Jørgen (1653-1708).
Den ligger i et kvarter, hvor gaderne ellers ikke har royale navne, men der er formentlig en sammenhæng med nabogaden Griffenfeldtsgade. Griffenfeldt var kansler under kong Frederik den 3.
Langt herfra ligger en anden lokalitet, opkaldt efter Jørgen, nemlig Prins Jørgens Gård ved Christiansborg Slot.
En del af gaden hed i sine første år – dvs. i slutningen af 1850’erne – Louisegade. Den var muligvis opkaldt efter Louise Christine Feilberg (1821-1905), der var gift med grundlæggeren af Anker Heegaards jernstøberi, som lå ved den nuværende Blågårds Plads.
I 1867 blev der begået et brutalt mord i gaden, som i forvejen havde et dårligt ry. Måske var det derfor, at gaden skiftede navn, fordi man forbandt navnet Louisegade med forbrydelser.
Prins Jørgens Gade har stadig 1-2-etages huse, som var typiske på Nørrebro i midten af 1800-tallet.