Efter koleraepidemien i 1853 måtte man finde en løsning på den manglende kapacitet på byens to hospitaler, Almindelig Hospital og Frederiks Hospital.
Derfor opførte Københavns Kommune i begyndelsen af 1860’erne et hospital ved Øster Farimagsgade på Nørrevold. Det åbnede i 1863.
Hospitalet var én af de første større bygninger på det tidligere fæstningsterræn og lå i sine tidligste år helt uden anden bebyggelse omkring. I 1800-tallet opfattede man åbne omgivelser med lys og frisk luft som en vigtig faktor i behandlingen af de syge.
Arkitekten Christian Hansen (1803-1883) tegnede det omfattende bygningskompleks, som er et helt symmetrisk anlæg. Stilen er inspireret af den byzantinske arkitektur, som Christian Hansen havde studeret ved sine ophold i middelhavslandene.
Midterbygningen ud mod Øster Farimagsgade er forsynet med en kuppel med et lille spir. Her lå hospitalets kirkesal og nedenunder operationsstuen, som fik lys fra de meget store vinduer.
Som noget meget moderne på sin tid, var hospitalet indrettet med anlæg til desinfektion, dampopvarming og ventilation. Der var desuden rindende vand og vandskyllende toiletter.
Der blev lagt vægt på hygiejnen, fordi man så småt i midten af 1800-tallet var begyndt at være opmærksom på bakteriernes skadevirkninger. De nødvendige forholdsregler var dog ikke helt nemme at indføre. Da man i 1880’erne foreslog at bruge hvide kitler ved operationerne, mente hospitalsbestyrelsen, at lægernes almindelige jakker kunne være gode nok!
Hospitalet havde fra starten mere end 800 sengepladser fordelt på en halvdel til mandlige og kvindelige patienter. Sygestuerne havde vinduerne mod sydvest, så patienterne fik mest muligt lys.
Det var desuden en særlig epidemiafdeling i en bygning, der lå for sig selv ud mod Sortedamssøen, og en afdeling (”6. afdeling”) for psykisk syge.
I en bygning ved indgangen ud mod Gammeltoftsgade, foretog lægen Niels Finsen sine første lysbehandlinger til behandling af tuberkulose, indtil han i 1901 flyttede til Finsensinstituttet på Østerbro.
Flere af hospitalets bygninger er kommet til eller udvidet gennem tiden, og så sent som i 1954 blev hospitalet udvidet med nye bygninger ud mod Øster Søgade. De blev tegnet af Københavns stadsarkitekt F. C. Lund (1896-1984), men i en stil der minder om det oprindelige byggeris.
Hospitalet fik fra starten sin egen kirkesal, som Christian Hansen tegnede.
Kommunehospitalet ophørte med at være hospital i 1999 og bygningerne bruges i dag af Københavns Universitet.
