Kreaturhandler og justitsråd Niels Josephsen udstykkede i slutningen af 1800-tallet sin jord på det nordlige Frederiksberg. Josephsen ejede landstedet Mariendal på hjørnet af Falkoner Allé og Mariensdalsvej.
Én af vejene i området var Nitivej, hvis navn er sammensat af Niels Josephsen og han kone Thoras initialer. Tidligere var bogstaverne I og J ofte identiske.
Josephsen skænkede midler til opførelse af en kirke til beboerne i området. Det havde tidligere hørt til Sankt Thomas Kirke ved Rolighedsvej, men i 1905 blev Mariendalskvarteret udskilt som et selvstændigt sogn.
Allerede i 1909 blev sognet delt og >Godthåbs Kirkes sogn opstod.
Kirken fik navnet Mariendals Kirke og blev indviet i 1908. Den blev tegnet af arkitekt Thorvald Jørgensen (1867-1946) i en stil, som er en efterligning af romanske middelalderkirker.
I nogle år før kirken blev indviet lå her fra 1905 en midlertidig kirke. Den var ligesom Fillips Kirke på Amager opført af et materiale, der bestod af kokosnøddeskaller og gips.
Efter at den nuværende kirke var bygget færdig, flyttede den midlertidige kirke videre til Aldersro sogn på det ydre Østerbro, hvor den tjente som kirke indtil Taksigelseskirken stod færdig.
Under Mariendals Kirkes kor er indrettet et gravkammer, hvor Niels Josephsen og hans hustru Thora er bisat. Niels døde 1905 og Thora 1908.
Thoras efterladte smykker indgik i udformingen af kirkens altersølv.