Vejen har i 1903 fået navn efter Sankt Markus Kirke.
Området nord for Sankt Markus Allé hørte endnu omkring 1900 til Københavns Ladegård. Det blev dog brugt til bl.a. tennisbaner, indtil udstillingshallen Forum blev bygget her i 1920’erne.
Da der blev anlagt en vejforbindelse fra Sankt Markus Allé til Rosenørns Allé fik den først navnet Sankt Markus Sideallé. Senere blev den omdøbt til Julius Thomsens Plads.