Immanuelskirken har navn efter den bibelske person Immanuel, som varslede fødslen af Jesus.
Kirken blev bygget efter en strid i 1889 om ansættelse af en præst i Vartov i Farvergade. Striden endte med dannelsen af Københavns Valgmenighed, som opførte kirken ved Forhåbningsholms Allé.
Kirken blev tegnet af arkitekten Andreas Clemmensen (1852-1928) og indviet i 1893.
Sammen med arkitekten Rasmus Rue, tegnede Clemmensen det tilhørende beboelseshus, der ligger ud mod Svanholmsvej og ejes af Københavns Højskoleforening.
Byggestilen ligner den romanske og det fritstående tårn minder om italienske kirker.
Niels Skovgaard har malet kirkens altertavle, og sammen med hans brødre Joakim Skovgaard og Niels Larsen Stevns udført dens mosaikker.