Tøjhuset er en af bygningerne i Søarsenalet på Slotsholmen. Herfra blev flådens skibe udrustet med kanoner og ammunition. Navnet kommer af det tyske ord “zeug” (stykke), der betyder artilleri.
I Tøjhuset blev der både oplagret og fremstillet skibsartilleri m.m.
Bygmesteren var Bernt Pejtersen og opførelsen startede i 1599. Bygningen var 163 meter lang men kun 24 meter bred, og har kun to rum på hver sin etage i hele husets længde. “Kanonhallen” i stueplanet er Europas længste rum.
I 1600-tallet var der også opbevaring af våben i kunstkammerbygningen (i dag Rigsarkivet), der ligger ud mod Rigsdagsgården.
Bag ved Tøjhuset lå et svovlhus, hvor man oparbejdede gødning fra slottets hestestald, og udvandt salpeter af det.
Der blev også fremstillet krudt, men da det var for farligt så tæt på Københavns Slot, så man flyttede produktionen udenfor byen, til bl.a. Mølleåen nord for København.
Uforsigtighed med en granat førte i 1647 til at huset brændte ned. Det blev først genopført efter svenskekrigene i 1660. Efterhånden kom huset til fortrinsvis at rumme våben til hæren, ikke mindst da man opførte tilsvarende faciliteter på Holmen, hvor flådens skibe fik deres base.
I 1800-tallet blev der indrettet en egentlig geværfabrik ved siden af tøjhuset, i Bibliotekshaven, der nu ligger hvor havnebassinet lå. På grund af risikoen for brand, ikke mindst i lyset af nærheden til Rigsarkivet og Det Kongelige Bibliotek, valgte man at flytte geværfabrikationen til nye bygninger ved Amager Boulevard, hvor den fik navnet Ny Tøjhus.
I dag er Tøjhuset indrettet til museum for krigsmateriel m.m. og drives af Statens Forsvarshistoriske Museer.