Vejen har navn efter Markmandshuset (billedet herunder), der lå overfor Christianshavns Brandstation.
Her boede en opsynsmanden for Christianshavns Fælled. Han ansatte vogterdrenge, der skulle holde øje med kreaturerne, der græssede på fælleden, og desuden se efter, at ingen ulovligt hentede gulvsand på strandengene.
Huset blev revet ned i 1922, hvor den nuværende boligbebyggelse på sydsiden af vejen blev opført.
Tidligere kaldtes vejen for Kulevejen fordi den førte hen til de åbne kuler (grave), hvor latrinen fra de københavnske lokummer blev tømt ud i. Herfra kunne amagerbønderne så hente latrinen, som de brugte som gødning på deres marker. Dette er årsagen til Amagers folkelige navn “Lorteøen”.
Kulerne blev etableret i 1770’erne, da man flyttede dem fra Christianshavn, hvor de havde ligger bag Vor Frelsers Kirke. Kortet herover fra 1777 viser der projekterede latrinanlæg. Når latrinen i kulerne var “dampet af”, kunne den lægges ud på de åbne flader på Christianshavns Fælled og tørre, så den blev nemmere at transportere, når den skulle gøre gavn som gødning.
Markmandsgade er indtegnet lidt til højre for midten, som adgangsvej fra Amagerbrogade. De rette linjer på hver side af kulerne er måske skudretninger fra bastionerne på Christianshavns Vold. Man havde planlagt, at kunne beskyde latringraven, så dens indhold plaskede op i hovedet på en fjende, der nærmede sig byen.
I midten af 1800-tallet flyttede man latrinkulerne længere ud mod kysten.
Opsynsmanden for kulerne boede i et hus ved Markmandsgade, som indtil indtil 1930’erne en del af Kløvermarksvej.
På nordsiden af gaden lå fra midten af 1800-tallet en fabrik, der formalede ben og knogler til et produkt, der blev brugt i sukkerfremstilling.
I 1898 blev virksomheden overtaget af arbejderbevægelsen, der omdannede den til forsamlingsbygning (billedet herover).
I forsamlingshuset blev der både holdt politiske møder og arrangeret baller og juletræsfester. Bygningen havde et andet publikum end naboen Vennelyst som i højere grad tiltrak borgeskabet.
I slutningen af 1930’erne blev forsamlingsbygningen erstattet af de nuværende Amager Selskabslokaler.
Hvor forsamlingsbyen lå, gik en lille gyde der hed Yrsavej.
I Markmandsgade ligger Christianshavns Brandstation, der opførtes her i 1904 efter tegninger af arkitekten Ludvig Fenger. Den afløste en brandvagt i Langebrogade på selve Christianshavn. Stationen blev opført som en let konstruktion, der hurtigt kunne fjernes, for dengang var der stadig en militær beskyttelseszone på det nordlige Amager.
I gården til Markmandsgade 8-16 havde Amager Badminton Club klubhus og badmintonhal indtil omkring 2018.