På det nordligste Amager lå i 1700- og 1800-tallet flere vindmøller.
Store Mølle stod indtil ca. 1789 på Christianshavns Vold og var oprindeligt en stubmølle. Dens navn skal nok ses i relation til Lille Mølle, der stadig står på volden.
1844 nedbrændte Store Mølle, men den blev genopført. Nu blev den en hollandsk mølle, altså en mølle, hvor kun hatten og vingerne drejer efter vinden.
Den var én af landets største med et vingefang på 25 meter. Møllen lå indenfor den militære beskyttelseszone på det nordlige Amager, og skulle derfor kunne nedrives.
Efter genopførelsen blev der også bygget en lang, toetages fabriksbygning i tilknytning til møllen, der nu fungerede som dampmølle. Vandet til produktionen af damp, kom fra voldgraven tæt ved.
1864 købte Lauritz Peter Holmblad møllen, og hans søn Jacob flyttede ind i møllebygningen. Den var stadig en tradtionel kornmølle, men blev også en fabrik for produktion af sæbe, belysningsolier og stearinlys. Bygningen ses på tegningen af J. L. Ridter herunder (gengivet fra “Danmarks industrielle etablissementer”)
30. april 1880 brændte møllen og fabrikken. Branden opstod heldigvis i arbejdernes frokostpause, så ingen kom noget til, men lageret af råmaterialer til bl.a. lysfabrikationen god næring til ilden. Brandvæsenet forsøgte forgæves med fem brandsprøjter at slukke ilden.
Fabrikationen af stearinlys blev flyttet til en anden af Holmblads fabrikker, og selve møllen – der formentlig ikke var helt beskadiget – blev nedtaget og flyttet til Taastrup ved Fakse. Her fortsatte den under navnet ”Storemøllen”.
De resterende bygninger blev nu brugt som sæbesyderi.
1907 overtog ejendomsselskabet Amagerbro A/S bygningerne og udlejede dem indtil 1936 til Mejeriet Perfect, mens grunden blev udlejet til et gartneri.
1916 blev villabygningen mod Amagerbrogade nedrevet, mens fabriksbygningerne først forsvandt i 1925, hvorefter den nuværende bebyggelse på stedet blev opført.
Store Mølle har givet navn til Store Møllevej.