På Christianshavn var der fra omkring 1640 en kirke, den senere Vor Frelsers Kirke, med en tilhørende kirkegård.
Efter koleraepidemien i 1853 holdt man op med at begrave de døde inde i selve byen, og derfor begyndte man at bruge fattigkirkegården, som siden 1790 havde ligget på Christianshavns Fælled, dvs. udenfor byen.
Jorden her var stillet til rådighed af Københavns magistrat – formentlig fordi man så kunne begrave de fattige fra hele København herude. Kirkegården lå helt op ad grænsen til Tårnby sogn, og dermed så langt fra Københavns centrum, som muligt.
Selv om Vor Frelsers Kirkes kirkegård blev lagt udenfor byen, blev der stadig foretaget enkelte begravelser rundt om kirken.
Kirkegården er udvidet flere gange i midten af 1800-tallet. Den seneste, større ændring var i 1927, hvor også muren ud mod Amagerbrogade blev opført.
På den modsatte side af Amagerbrogade lå en anden kirkegård, Børnehuskirkegården, som er beskrevet under Hollænderdybet.