Gaden hed fra Christianshavns grundlæggelse i 1600-tallet Prinsensgade.
For at undgå forveksling med Prinsensgade, der løb mellem Adelgade og Borgergade, blev gaden på Christianshavn omdøbt i 1859.
I gadens vestlige ende lå tidligere fabrikker i området, der afgrænses af Sofiegade og Christianshavns Voldgade.
Én af dem var englænderen Thomas Potters jernstøberi, der var grundlagt på Applebys Plads omkring 1769.
Her lå også i 1700-tallet et traktørsted med serveringshave, som havde et menageri med vilde dyr og afholdelse af tyrefægtninger.
Prinsessegade var tidligere den gade på Christianshavn, der havde flest værtshuse.
Værtshuset Falken har navn efter ét af Christianhavns ældste værtshuse, der oprindeligt lå på hjørnet af Prinsessegade og Torvegade. Ejendommen bærer stadig navnet “Falken”, selv om den er opført i 1906.
Navnet Falken stammer fra Frederik den 7.’s lystyacht.
På hjørnet af Sofiegade ligger Marie Kofoeds (1760-1838) kollegium og pensionat (herover). Hendes mand var brygger og skibsfører, og som enke brugte Marie Kofoeds hans formue til en lang række velgørende formål i København.
Kollegiet blev opført i 1859 efter Marie Kofoeds død.
Den statelige ejendom i Prinsessegade 10-14 (herover) er opført i midten af 1700-tallet som bryggergård.
Her boede kunstmaleren Edvard Weie (1879-1943). Han malede flere motiver fra Christianshavn.
I 1600- og 1700-tallet var den østlige ende af Prinsessegade endnu ikke særligt bebygget.
Arealerne omkring Vor Frelsers Kirke blev derfor brugt til at oplagre latrin fra de københavnske lokummer. Det skete i åbne gruber, som sikkert har afgivet en ubehagelig lugt.
I 1750’erne etablerede arkitekten og entreprenøren Philip de Lange et salpeterværk på grunden overfor kirken. Salpeteret blev især brugt til fremstilling af krudt, og blev udvundet i åbne gruber af bl.a. døde dyr.
Philip de Lange byggede en bolig ved siden af værket. Den eksisterer stadig i gården bagved Prinsessegade 54, og bruges nu af Christianshavns Skole.
I Prinsessegade 60-62 lå fra første del af 1800-tallet to tobaksfabrikker.
Brdr. Brauns tobaksfabrik var grundlagt i 1814 af Hans Jacob Braun. Fabrikken flyttede i 1927 til Strandlodsvej på Amager.
I 1835 grundlagde E. Nobels en tobaksfabrik i Nykøbing Falster og overtog i 1854 en anden fabrik, der var etableret i 1806 i Vestergade. Den sammenlagte virksomhed fik dels til huse på Frederiksberg og dels på Christianshavn.
Tobaksfabrikken lukkede i 1969 og var en overgang besat af slumstormere, som indrettede bygningerne under navnet “Projekt Fabrik”. Bygningerne bruges i dag af Christianshavns Gymnasium.
Hvor en del af fabrikkens bygninger lå, blev der i Prinsessegade 56-60 omkring 2000 opført etageejendommen “Hundredeårshuset”, som er tegnet af Tegnestuen Vandkunsten for boligselskabet AKB.