Gaden går på begge sider af Christianshavns Kanal og er opkaldt efter Sankt Anna, der ifølge Bibelen var mor til Jomfru Maria. Navnet skal måske ses i sammenhæng med Vor Frelsers Kirke.
Sankt Annæ Gade har eksisteret siden Christianshavns grundlæggelse i begyndelsen af 1600-tallet. Den var – ligesom Overgaden – delt i Sankt Annæ Øvregade og Sankt Annæ Nedregade på hver sin side af kanalen.
Mellem Wildersgade og Overgaden Neden Vandet lå en række lejeboder (fattigmandshuse) fra kong Christian den 4.s tid. De er forlængst forsvundet.
Gaden passerer Christianshavns Kanal på Snurrebroen. Den er bygget i 1780’erne på privat initiativ som en fodgængerbro. For at undgå, at vogne kørte over broen, blev den forsynet med en “snurre”, som fodgængerne kunne gå i gennem. Tegningen herover viser en ældre udgave af broen, tegnet af M. F. Larsen i 1920’erne.
Snurrebroen blev i 1924 bygget om og gjort bredere, Måske var det ved den lejlighed, at dens bropiller blev forsynet med plader, der viser Københavns våben og årstallene 1786 og 1924.
Syd for kanalen er Sankt Annæ Gade præget af byggeri fra 1900-tallet, men det er også her Vor Frelsers Kirke ligger.
Overfor kirken lå fra 1773-1858 landets første veterinærskole, oprettet på privat initiativ af en læge, P. C. Abildgaard.
I 1866 blev der opført et anneks (herover) til kvindefængslet på Christianshavns Torv ud mod Sankt Annæ Gade. Annekset blev i 1921 ombygget til almindelige lejligheder.