Vejen er opkaldt efter Møllegård, der lå her. Gården har sikkert haft forbindelse med en mølle, der blev drevet af vandet, det blev stemmet op i Emdrup Sø
Gården brændte i 1903.
Vejen eksisterede i slutningen af 1800-tallet og var adgangsvej til nogle ejendomme ved Emdrup Sø.
Navnet Møllegårdsvej er fra omkring 1917.
