Alléen er opkaldt efter dyrlægen Peter Abildgaard (1740-1801), der grundlagde de veterinære uddannelser i Danmark. Han åbnede Veterinærskolen på Christianshavn i 1773.
Doktor Abildgaards Allé blev anlagt i 1890’erne på det areal, der tidligere blev brugt af Landbohøjskolen som forsøgsmarker.
Vejen hed indtil 1909 Hostrups Allé, fordi forfatteren J. C. Hostrup boede på ejendommen Rolighed ved Rolighedsvej. (Se nærmere under Hostrupsvej).
