Vejen er opkaldt efter lægen og politikeren Eduard Moritz Jocoby (1845-1909).
Jacoby var en af initiativtagerne til opettelsen af Frederiksberg Hospital.
Jacobys Allé blev anlagt omkring 1905 på arealer, der havde været ejet af handelsgartner Ludvig Hansen på Vesterbrogade.
Den særprægede ejendom Jocobysborg på Jacobys Allé 21 er fra 1916 og opført for cand. pharm. Niels Troensegaard Dampmøller. Villaen er tegnet af arkitekten Christian Mandrup-Poulsen. Indvendig er huset udsmykket med freskoer af Joakim Skovgaard.
Villaen på Jacoby Allé 23 er tegnet af arkitekten Ulrik Plesner (1861-1933).
Ejendommen Schlegelshus på hjørnet af Schlegels Allé er opført omkring 1912 efter tegninger af Ulrik Plesner og Carl Emil Dam (1883-1972).
Karréen mellem Jacobys Allé og Asmussens Allé optages af ejendommen Vesterborg (herover). Den er opført i 1915 og tegnet af arkitekt Rasmus Vilhelm Rue (1863-1944).
Arveprins Knuds kollegium er opført 1918. Bygningen er tegnet af arkitekt Frederik Kiørboe.
Fra 1953 blev kollegiet drevet af Sydslesvigs Studie- og Hjælpefond for sydslesvigske studerende i København.
