I Frederiksholms Kanal mellem Ny Vestergade og Stormgade lå fra 1680’erne en ejendom, der var bygget for storkøbmanden Wigand Michelbecker.
I forbindelse med palæet indrettede kong Christian den 5.’s dronning, Charlotte Amalie, et kapel til brug for den reformerte menighed i København.
Det fungerede nogle få år, indtil Reformert Kirke ved Gothersgade blev bygget. En mindetavle i Ny Vestergade fortæller historien.
Da den russiske zar Peter den Store og dronning Catharina kom til København i 1716 boede de her sommeren over, mens de sammen kong Frederik den 4. planlagde et angreb på Sverige. De russiske gæster manglede øjensynligt brænde, så det siges, at de fyrede op med palæets møbler.
Mens Københavns Slot var under ombygning i 1720’erne, blev palæet brugt til at huse en del af hoffets medlemmer.
I 1747 omdannede arkitekten Nicolai Eigtved (1701-1754) palæet til bolig for kronprinsen, den senere kong Frederik den 5. og kronprinsesse Louise. Derfor fik det navnet Prinsens Palæ.
I anden halvdel af 1700-tallet blev palæet primært bopæl for embedsmænd ved hoffet, men her boede også nogle af tidens værdsatte kunstnere, f.eks. Nicolai Abildgaard og Jens Juel. Efter branden på Christiansborg Slot i 1794, indrettes palæets hovedfløj til lokaler for Højesteret.
I midten af 1800-tallet flyttedes de historiske samlinger, som tidligere var på Christiansborg Slot, ind i palæet, og i 1890’erne samledes de under betegnelsen Nationalmuseet.
I 1920’erne blev bygningskomplekset udvidet væsentligt og omfatter nu hele karréen mellem Frederiksholms Kanal, Ny Vestergade, Vester Voldgade og Stormgade.
