I midten af 1600-tallet blev der sydvest for Christianshavn anlagt nogle skanser i forbindelse med det militære øvelsesterræn på Amager Fælled.
I løbet af 1880’erne flyttede Forsvarets geværfabrik og våbedepot fra Tøjhuset på Slotsholmen til de vestligste bastioner i Christianshavns Vold, hvor den fik navnet Ny Tøjhus. Det lå ved den nuværende Amager Boulevard.
Sidst i 1800-tallet kom også Artillerivejens Kaserne til på denne del af Amager. Der var derfor ikke i 1800-tallet mange muligheder for bebyggelse af Amagers nordvestlige del.
I 1857 kom det første forslag til opfyldning af en del af Kalveboderne, for at skaffe nyt land. Det var fremsat af grosserer Andreas Wilhelm Andersen og en engelsk ingeniør John Murray. Forslaget blev, ligesom flere andre senere projekter, ikke realiseret.
I 1887-1888 blev området ved Ny Tøjhus fyldt op, for at militæret kunne få plads til et øvelsesterræn.
Erfaringerne fra opfyldningsarbejderne var gode, så man planlagde at forsætte – ikke mindst for at skaffe kajpladser, som der var mangel på i Københavns Havn. Samtidig ville det i de bagvedliggende arealer give plads til industri, oplagspladser samt en ny godsbanegård.
Forudsætningen var dog, at der sydligere i Kalveboderne blev anlagt en dæmning og en sluse, så man kunne regulere strøm og vandstand. Slusen og dæmningen anlagdes i 1901-1904, og var forløberen for slusen ved Sjællandsbroen.
Opfyldningerne begyndte i 1903 og >Københavns Havn fik næsten en kilometer ny kajplads. Samtidig blev der bygget en ny Langebro.
Det er en almindelig opfattelse, at navnet skyldes at skibe til Island lagde til her, men det kan også skyldes forbindelsen til Islands Plads på Christianshavn, der i begyndelsen af 1900-tallet var ejet af selskabet Chistianshavns Oplagspladser, som stod for de første byggerier på Islands Brygge.
Ideen til at anlægge en ny bydel på noget af det opfyldte areal kom fra havnedirektør H. C. V. Møller. Navnet Islands Brygge menes at være foreslået af direktøren for Privatbanken, Axel Heide, som Axel Heides Gade er opkaldt efter.
Selv om det var kajpladser og arealer til virksomheder der var baggrunden for at Islands Brygge blev fyldt op, blev en stor del af området bebygget med boliger. Christianshavns Oplagspladser stod for størstedelen af byggerierne og kun enkelte andre selskaber opførte boliger.
I 1905 skrev Amager Avis: ”Opfyldningen, der haves i entreprice af ingeniør Monberg, er meget stort. Fyldet er taget dels fra udgravning i havneløbet, dels hentet fra Køge Bugt. Der er dagligt paafyldt 1000-1200 vognmandslæs i ca. 3 aar. (…) Der vil blive kvarterer for baade velstaaende og arbejdere. Der vil med andre ord opstå en hel lille by, som i fri beliggenhed omgiven af sø og land og frisk luft til alle sider, er enestaaende i nutidens København.”
I 1905 stod de første boligkarréer færdige. De lå ud mod havnekajen, som ligesom hele kvarteret fik navnet Islands Brygge.
I 1906 blev der udskrevet en konkurrence om bebyggelse af området mellem Njalsgade og Halfdansgade. Vinderne blev arkitekterne Ulrik Plesner og Aage Langeland-Mathiesen, men deres forslag blev dog aldrig realiseret.
De dårlige erfaringer med at udleje de meget store lejligheder i de første byggerier ud mod havnen gjorde, at man i stedet opførte billigere og tætliggende to-værelses lejligheder. Byggeriet bestod af nogle meget lange karéer med snævre gårde. Mod gaden var det præsentable ejendomme, men for at spare plads, blev køkkentrapperne bygget ud i gårdene, så byggeriet fra gårdsiden mindede om en redekam.
En stor del af boligblokkene var tegnet af arkitekten Thorvald Gundestrup (1869-1931).
Industrivirksomhederne kom til at ligge langs med havnen. Undtagelsen var FDB’s store kompleks i Njalsgade og virksomhederne i området syd for Halfdansgade.
Havnearealerne blev optaget af pladskrævende virksomheder, som Københavns Kul- og Koks Kompagni, Th. Drost & Co, Carl Nordstrand, Evers & Co samt A/S Carl Nielsen. Det var især brændsel, sten og grus samt byggematerialer, der blev oplagret og solgt herfra.
I 1970’erne flyttede en del af firmaerne, og kajområder kom til at ligge øde hen. I 1984 tog en beboergruppe initiativ til at omdanne nogle af arealerne til en havnepark.
To meget store produktionsvirksomheder kom til at dominere Islands Brygge, nemlig Dansk Sojakagefabrik på Axel Heides Gade og tændstikfabrikken Gosch & Co.
I området syd for Halfdansgade blev det firmaer som tobaksfabrikkerne C. W. Obel og Horwitz & Kattentid, grynmøllen OTA A/S, og Joseph Levin & Co’s produkthandel der placerede sig.
Efter årtusindskiftet begyndte omdannelsen af det gamle havneområde til boligkvarterer. I dag er der ikke havnerelaterede aktiviteter tilbage.
Området, hvor Dansk Sojakagefabrik lå, er i dag bebygget med boliger og har fået navnet Havnestaden.
Islands Brygge er de senere år blevet udbygget langs de gamle kajer.