Gaden har navn efter den færøske ø Mikinæs, som på dansk kaldes Myggenæs. Gaden er sammen med Thorshavnsgade, Klaksvikgade og måske Vestmannagade de eneste på Islands Brygge, der er opkaldt efter steder på Færøerne.
Myggenæsgade går i det område, hvor Forsvarets våbenarsenal Ny Tøjhus lå indtil 1970’erne.
Hvor gaden går i dag, gik tidligere jernbanesporet fra Københavns Godsbanegård til Amagerbro Station. Det er årsagen til, at Myggenæsgade ikke går helt parallelt med de øvrige gader på Islands Brygge. Kortet herover fra 1929 viser sporets forløb dengang.
I årene 2000-2010 opførtes på Tøjhusgrunden et omfattende nybyggeri, som bl.a. bestod af boligerne i Ny Tøjhus I og Ny Tøjhus II, som Myggenæsgade går igennem. Boligblokkene er karakteristiske ved delvis at ligge i en kunstig anlagt dam. Bebyggelsen er tegnet af arkitektfirmaet Vilhelm Lauritzen Arkitekter.
Myggenæsgade går langs bagsiden af de store kontor- og lagerbygninger, som Forenede Danske Brugsforeninger opførte i Njalsgade i begyndelsen af 1900-tallet (billedet herover).
Den østlige indkørsel til gaden sker gennem HK’s kontorbygning Ny Tøjhus Have ved Ørestad Boulevard.