Den første havn ved Kastrup blev anlagt i forbindelse med Kastrup Værk i midten af 1700-tallet. I 1800-tallet blev den en egentlig industrihavn, der betjente fabrikkerne langs Amager Strandvej.
Havnen blev f.eks. brugt at Kastrup Glasværk (se under Ved Havnen)
Dansk Svovlsyre- og Superphosfatfabrik fik dog sin egen havn, den såkaldte “Syrebro”.
For at kunne overføre kreaturer til Saltholm ude i Øresund, blev der desuden bygget en anløbsbro for enden af Skøjtevej. Vejen har sit navn efter de fartøjer – skøjter – der sejlede med kreaturerne.
I 1830’erne begyndte folk fra Kastrup at fiske fra havnen. I 1865 blev Kastrup Broforening stiftet med der formål at bygge en fiskerihavn.
Fra 1958 til 1969 var der færgefart til Sverige fra Kastrup Havn.