Gaden har som mange andre i kvarteret navn sit navn fra den nordiske mytologi. Balder var søn af guden Odin og gift med Nanna, der har givet navn til Nannasgade.
Baldersgade blev anlagt i 1870’erne og var i den første tid en blind vej. Den sydlige del af gaden er stadig præget af 2-3-etages ejendomme fra 1800-tallets slutning.
Fra omkring 1900 etablerede maskinfabrikken Atlas sig i Baldersgades sydlige del, hvor der tidligere havde været remiser for Nørrebros Sporvejsselskab. Fabrikken, der senere blev kendt for produktion af især køleskabe, flyttede efterhånden sine aktiviteter til forstæderne.
I Baldersgade 20-24 lå Baldersgades Hospital (tegningen herover). Det havde tidligere været en privatdrevet institution for åndssvare og døvstumme børn, men blev i 1902 overtaget af kommunen, og brugt som aflastning for de eksisterende sygehuse i København, f.eks. Kommunehospitalet.
Hospitalet havde en særlig opgave overfor de fattigste patienter, som kom hertil også fra andre bydele. Det skabte en del trafik i Baldersgade, som derfor tidligt blev brolagt.
Balders Hospital havde omkring 70 sengepladser og lukkede i 1974.
Den lille plads mellem Baldersgade og Ægirsgade fik i 1985 navnet Balders Plads.