Gaden er opkaldt efter Henrik Gerner (1742-1787), der var officer og skibsbygger på flådeværftet på Holmen.
Gernersgade har tidligere haft en række andre navne: Nygade, Hundegade, Elsdyrgade og Meriangade.
Oprindeligt lå der i Gernersgade de klassiske Nyboder-længer, men de blev revet ned i midten af 1800-tallet.
I stedet blev der vest for Kronprinsessesgade opført boliger for Arbejdernes Byggeforening. Arkitekten var Frederik Bøttger (1838-1920), der senere tegnede tilsvarende huse i bl.a. Kartoffelrækkerne og Humleby. Husene er i dag malet i forskellige farver (billeder herover).
Mellem Kronprinsessegade og Borgergade ligger på den nordlige side ligger huse, der er opført i 1890’erne (herunder). De er tegnet af arkitekten Olaf Schmidth (1857-1927).
Ved Sankt Pauls Plads ligger nogle af de sidst opførte huse i Nyboder.
