I 1500-tallet lå der kun spredt bebyggelse nord for Københavns Indre by.
Her var lysthaver, enkelte huse og gæstgivergårde og nogle garverier.
Ved kysten lå lidt nord for den nuværende Sankt Annæ Plads, var en reberbane, der blev brugt af Det Islandske Kompagni. Her lå desuden Sankt Annæ Kapel, og en skibsbro, der også var opkaldt efter Jesus’ mor Anna.
I 1606 købte kong Christian den 4. nogle grunde i området. Hensigten var dels at opføre en ladegård for Københavns Slot, dels at bygge et lysthus. Ladegården blev dog opgivet nogle få år efter, men lysthuset blev senere udvidet og blev til Rosenborg Slot.
Der blev også i dette område anlagt en befæstning, Sankt Annæ Skanse, og opførelsen af en stor kirke, Sankt Annæ Rotunda, blev påbegyndt.
Omkring 1625 begyndte byggeriet i den nye bydel nord for byen. Som en vigtig del af det nye kvarter, opførtes nemlig fra 1630’erne sømandsboligerne Nyboder, som erstatning for de tidligere, der lå tæt på flådens base, Bremerholm.
Christian den 4. plan var oprindeligt en stjerneformet by, med radial- og ringgader. I centrum skulle ligge en ottekantet plads med en diameter på næsten en halv kilometer. Bydelen var inspireret af en italiensk idealby Citta del Sole, solbyen. Byplanen passede imidlertid ikke ind i det mere rektangulære område, hvor der både skulle være plads til Kastellet og Rosenborg Slot. og blev derfor ikke realiseret i denne form.
Alligevel var man øjensynligt begyndt at anlægge nogle af gaderne, og den ”skæve” gade Gammelvagt er en rest af radialformede gademønster. Tidligere var der også i Nyboder en gade, der gik på skrå som en rest af den oprindeligt tænkte byplan, så formentlig har man påbegyndt den oprindelige plan, uden af fuldføre den.
Planerne for den nye bydel blev nemlig sat i stå og først genoptaget efter Christian den 4. død i 1648. Nu blev en ingeniørofficer, Aksel Urup, sat til at udarbejde en helt ny byplan. Den adskilte sig væsentligt fra den stjerneformede, og havde i stedet et rektangulært gadenet.
I 1650 var arbejdet så langt fremme, så man kunne begynde udstykningen af grunde. Men det gik langsomt med at få solgt dem, og ti år senere var kun ca. 30 huse bygget. Med anlægget af Ny-København fik hovedstaden plads til 30.000 flere indbyggere.
Ligesom Christianshavn var det nye kvarter først og fremmest beregnet for handelen og en del af planerne om at gøre København til én af de vigtigste, nordeuropæiske havnebyer. Derfor var der projekteret en hovedkanal fra havnen og ind i bydelen, og flere sidekanaler, hvor skibe kunne lægge til og udveksle varer i handelshusene. Var denne del af planen blevet realiseret, ville København havde fået fordoblet sin havnekapacitet – men det blev den aldrig. Kanalen Nyhavn var den eneste del af de ambitiøse havneplaner, der blev gennemgørt.
I stedet for en havneby, blev den nye bydel en blanding af bolig- og erhvervsbyggeri og den sociale sammensætning strakte sig fra hovedstadens allerigeste, der primært købte grundene i Frederiksstaden i den østlige del, og de dårligst stillede, der fandt boliger i de spekulationsbyggerier, der opførtes i kvarteret ved Adelgade og Borgergade.
Man forsøgte at fastholde bydelen fornemmere præg, bl.a. ved krav om gadernes bredde og forbud mod at bebygge fortorvene – som det ellers var almindeligt andre steder i byen.
Efter 1660 blev byudviklingen ledet af den københavnske fæstningsingeniør, Henrik Ryse, der også stod for anlægge af Kastellet. Det var Ryse, der fuldførte planen for gadenettet, som nu blev påvirket af, at dronning Sophie Amalie opkøbte grunde ud mod havnen, for at anlægge et lystslot. Det blev til det senere Amalienborg Slot og kuldkastede endeligt ambitionerne om en handels- og havneby.
Ny-København bruges her om de to bydele, der i andre sammenhænge kaldes Sankt Anna Vestre Kvarter og Sankt Anna Østre Kvarter.