Omkring 1588 fik kong Frederik den 2. opført et lille lystslot udenfor Helsingør.
Slottet hørte til Kronborg, men var placeret lidt derfra, så kongen kunne få anlagt en have, som der ikke var plads til imellem Kronborgs fæstningsanlæg.
Tidligere havde gråbrødreklosteret Sankt Anna ligger på stedet sammen med Lundegård, der havde sit navn efter lunden på toppen af bakken.
I begyndelsen hed slottet Lundehave og var egentligt blot et mindre lysthus, der havde form som et tårn. Forbindelsen mellem etagerne skete via et trappetårn på bygningens bagside.
Muligvis var det kongens bygmester, Hans van Steenwinkel, der opførte slottet. Det må være ham, der har givet bygningen den åbne loggia i både stue og 1. sal.
Kong Christian den 4. brugte slottet en del og den senere konge, Christian den 5., lod Marienlyst sætte i stand af bygmesteren Lambert van Haven.
I midten af 1700-tallet var Lundehave en kort tid ejet af lensgreve og hofmarskal Adam Gottlob Moltke, der på denne tid fik opført én af palæerne på Amalienborg Slot.
I årene 1759-1764 fik Moltke Lundehave udvidet væsentligt og fik arkitekten Nicolas Henri-Jardin til at tegne to sidefløje.
Han lod dog det oprindelige tårnagtige slot stå, og trak sidebygningerne lidt tilbage. Dermed fik bygningen et fremspringende midterparti.
Foruden selve slottet tegnede Jardin også en ny have og slottet inventar, suppleret af hofdekoratør Joseph Christian Lillie.
Moltke var måske blot “stråmand”, for kong Frederik den 5, som havde planer om, at hans dronning Juliane Marie, skulle bo på på Lundehave når hun blev enke, men det blev aldrig til noget. Hun foretrak nok at bo på Fredensborg Slot.
Slottet skiftede dog navn til Marienlyst, så dronningen blev mindet ved stedet.
Parken blev delvist bevaret, men f.eks. kom de to træbroer oppe på bakken over slottet til. Foran slottet blev parken udformet som en såkaldt parterrehave, med hække der fulgte et strengt, symmetrisk mønster.
I 1790’erne fik Marienlyst en meget større park, der strakte sig to kilometer mod vest på højdedraget over slottet. Den blev bl.a. besøgt af forfatteren Hans Christian Andersen, der beskrev de smukke udsigter over indsejlingen til Øresund.
I parken ligger en monument over sagnfiguren Hamlet, udført af billedhuggeren Einar Utzon-Frank (1888-1955). Det er udformet som en sarkofag, og kaldes “Hamlets Grav”.
I 1851 blev slottet overtaget af Helsingør Kommune, som stadig ejer det. I en periode var det udlejet til en kurbadeanstalt. Fra 1930’erne rummede slottet Helsingørs bymuseum.
I 1920 blev haven omlagt af landskabsarkitekten G. N. Brandt, så den blev forenklet og mere kom til at ligne Jardins oprindelige plan.
I 1918 blev slottet fredet. Gennem de senere år er Marienlyst blevet renoveret.
