Gården blev bygget af ægteparret Hans og Hanne Nielsen i årene 1861-1866.
Navnet stammer fra Hans’ fødeby Avedøre, som oprindeligt hed Hawerthi.
Han havde i 1857 opført et teglværk, så de kunne producere mursten til opførelsen af gården. Han leverede også sten til genopførelsen af Frederiksborg Slot efter det var brændt i 1859.
På gården indrettede de et mejeri kælderetagen, hvor der var ekstra loftshøjde. Mælken kom fra gårdens 40 køer.
Det var Hanne Nielsen der drev mejeriet, hvor hun producerede oste. De havde så høj en kvalitet, at hun kunne levere til Christian den 9., som gav lov til at hun kunne opkalde en ost efter ham. Hanne NIelsen solgte ostene fra en butik i København.
Hanne Nielsen udviklede nye teknikker til at producere oste og arbejdede sammen med folk fra Landbohøjskolen på Frederiksberg. Hun tog også på studierejser til udlandet, for at hente inspiration. Hendes produkter var myse- og cheddaroste, der ikke var så kendte i Danmark.
Hun underviste også mejerister på gården, og havde i en periode på 35 år over 1.000 elever.
På den tid var det usædvanligt, at en kvinde drev sin egen virksomhed. Selv om Hanne Nielsen fik meget ros for sit arbejde, kom der alligevel til at stå “Gårdejer Nielsens hustru” på en pokal, hun modtog som anerkendelse.
Havarthigården har lagt navn til havarthiosten, men denne ostetype er formentlig ikke produceret her. Det er snarere en anerkendelse af Hanne Nielsens produkter, at hendes gård har lagt navn til en ost.
Havarthiosten er en ost af tilsitter-typen, som man i Danmark begyndte fremstillingen af i 1921.
I dag er Havarthigården hjemsted for kultur- og fritidsaktiviteter.
Ved indgangen til gården står en mindesten for gårdejer Peter Nielsen, som fik gården i selveje i 1766.
