Gaden har som flere andre på Vesterbro navn efter steder, der har haft betydning i Danmarks historie. Navnet har en sammenhæng med Dannebrogsgade, fordi Dannebrog efter sagnet faldt ned fra himlen i Estland
Estlandsgade blev anlagt i midten af 1880’erne og hed i begyndelsen Lille Dannebrogsgade.
Mellem Estlandsgade og Sønder Boulevard gik indtil midten af 1970’erne Revalsgade, der nu er helt forsvundet. Reval er et tidligere navn for Estlands hovedstad Tallin. Hvor Revalsgade gik, ligger i dag Letlandsgade og Litauens Plads.
