I 1901 blev en ny godsbanegård taget i brug ved Kalvebod Brygge. Den afløste den tidligere, der lå ved Københavns Hovedbanegård nord for Vesterbrogade.
På banegården blev der opført en ekspeditionsbygning tegnet af arkitekten Henrik Wenck (1851-1936). Bygningen blev nedrevet i 1960’erne og erstattet af en ny – der i dag også er væk.
Godbanegården fik i 1909 en selvstændig sporforbindelse fra Vigerslev syd om Vestre Kirkegård.
Henover godsbanegården blev lagt den næsten 250 meter lange Dybbølsbro.